迄今為止多頭管理、條塊分割的體制機制仍是困擾我國物流業發展的瓶頸。這帶來了多方面的深層次問題：

首先，運輸部門的體制分割造成了物流資源的分散浪費，并阻礙了現代化物流服務方式的發展。一是由于體制分割所造成的資源浪費現象數不勝數。如按照多式聯運理念，集裝箱通過鐵路直接抵達港口是最集約化的集散方式，然而著名的洋山港東海大橋卻并未建成公鐵兩用橋，造成了目前抵達洋山港的集裝箱只能先從船上卸到運輸車上，經過大橋然后再裝到火車上的多次短搗現象。還有一些地區，公路橋和鐵路橋并行而建、遙遙相望卻無法融為一體。二是體制分割現狀影響著現代化物流服務方式的發展。現代化的物流服務方式是以多式聯運為基礎的，需要各種運輸方式之間的統一協調以便于轉換。而目前各種運輸方式的多頭管理、相互分割和獨立發展造成了諸多問題。如一個物流企業如果要在國內從事鐵路、公路、航空、海運等包含多種運輸方式的貨物運輸，它必須向不同部門得有關審批單位提出申請，手續繁瑣、效率低下。另外，目前不同運輸方式在運輸組織、服務規范、技術及裝備標準等方面存在都較大差距，無法有效銜接，因此很多企業只能用單一的運輸方式來開展物流服務。

其次，管理體制機制的不暢還導致了部門、行業的割裂和地方保護現象。現代物流業的發展需要形成社會化的物流系統和跨區域、跨行業的物流網絡。由于各管理部門、各地方政府制定政策法規多從本部門、本行業和地方利益出發，致使許多部門間辦事難度大，地區間物流活動受到割裂或阻礙。在各行業間，許多部門都要爭相培育和引導物流，使得物流活動運作分散的現實和物流產業發展整合的要求形成較大的反差。在各地區間仍存在著地方保護主義現象。一方面，有些地區對本地和外地的運輸、物流企業等采取區別對待的做法；另一方面，一些物流企業想方設法尋求部門或地方政府的保護，造成一種不正常、不公平的競爭格局。

最后，部門間出臺的政策雖然很多，但未能互為補充、相互促進。近年在國家政策和輿論給物流業的發展提供非常廣闊的空間和支持的帶動下，物流相關部門和行業如發改委、交通運輸部、鐵道部、商務部等也都制定了促進現代物流業發展方面的相關政策和規定。但由于體制機制的制約，各部門出臺的政策雖然很多，但并未能實現彼此之間的有效融合，各部門也都是在各自的職權范圍內各司其職。這雖然在一定程度上推動了物流業的發展，但勿容置疑，也帶來了一些交叉和矛盾的現象。

物流業是以社會化的需求為基礎的生產性服務業。2008年，我國工業品物流總額高達79.9萬億元，占社會物流總額的88.8%。制造業物流運作模式的改變是我國物流業發展的主力軍。雖然近年隨著物流理念在我國的逐步深入，許多制造企業分離外包了物流業務，然而迄今，仍有許多行業和企業還在按照“大而全、小而全”的模式運行，外包也僅僅是停留在倉儲和運輸等部分業務。我國生產制造業與物流業的有效聯動仍然不足，面臨著雙重阻力。

一方面，傳統的生產制造企業正面臨著現代企業制度的改造，物流業務外包理念的深入仍需時日。現代企業制度所要求的科學的管理制度將使企業內部的核算體制更加合理，對于企業在物流方面的記錄、分析、監督、管理、控制會更加細致、客觀、有效。物流將成為衡量和制約企業經濟效益的一個重要指標。在自主經營的原則下，企業有壓力和動力進行必要的物流核算。清晰的物流核算體系將使企業的物流需求分離出來，進入市場交易的范圍。企業也將充分利用市場資源，控制物流交易成本。而我國目前生產制造企業正處于現代企業制度改造時期，企業內部物流成本模糊不明使其沒有動力進行物流外包。

另一方面，雖然近年來我國物流企業發展很快，但物流行業整體仍處于數量擴張的粗放式經營階段，網絡化、集約化、專業化的物流服務體系尚未形成。一是物流企業規模普遍偏小，物流組織化程度低。2008年，我國前50強物流企業主管業務收入僅占全國物流相關行業總收入的13.3%，市場集中化程度低。二是企業主營業務附加值低，增值服務少。大部分企業只能提供單一的運輸和倉儲服務，缺乏流通加工、物流信息服務、庫存管理、物流成本控制等增值服務，特別是在物流一體化解決方案設計和管理等高端服務方面還比較欠缺。

即使經過多年努力，迄今我國物流業發展的相關要素支撐仍顯不夠，主要表現在以下五個方面：

一是基礎設施發展不平衡。一方面不同運輸方式銜接不暢。貨物運輸過程中往往出現多次中轉、分拆倒裝，增加了無效運輸，難以滿足物流服務一體化的需要。另一方面重線路、輕節點。相應的物流節點建設相對滯后，線路和節點、節點與節點間缺乏統籌協調，網絡作用發揮不夠。

二是物流標準化體系建設落后。一方面相關標準仍需完善，在設施和設備、信息化等標準化方面比較低。如各種貨運方式之間銜接標準不統一、托盤等物流器具標準不配套、物流包裝標準和物流設施標準之間缺少有效銜接。另一方面體制性障礙和市場化發育不足使得物流標準化管理工作落后，各種標準難以推廣，應用正確率低。

三是信息技術應用水平低。主要表現在：企業內部物流管理信息系統和技術手段都比較落后。公共信息平臺建設雖然近年來進展較快，然而仍處于摸索階段。

三是物流技術裝備落后，標準化程度低。貨運車輛、搬運設備、倉儲設備等物流裝備落后，運作效率低。先進的物流管理和技術應用不廣泛，創新能力不強。

提起我國物流市場的“亂”，每一個物流從業人員都可謂深有感觸。一方面對大多數承運人而言，這些年來持續在價格上的低端惡性競爭使企業的利潤空間一步步被擠壓，企業運營舉步維艱。另一方面對于托運人而言，時不時就發生的“貨運蒸發”、“卷款走人”等現象使貨主談之色變。

物流市場無序競爭的根源在于兩個方面：一是物流市場的“多、小、散、弱”。目前我國各地的物流企業往往都是采取“群聚”的形態，一條對外城市主通道周圍往往有幾十家物流企業。這些企業規模大小不等。有的是大型物流公司設立的網點；有的是貨運信息部；有的只有兩三條運輸線路和兩三輛車；更小的甚至連運輸車輛都沒有，只是一個小黑板和兩三個辦公人員。這種集中分布的形態使得這些業務類別相似、價格趨近的物流企業之間競爭非常激烈，而且都是停留在低端無序的競爭上。二是缺乏有效的市場規范手段。可以說并非中國存在中小型物流企業居多的情況。英國擁有108，000家貨運企業，其中大約有一半是擁有一輛貨車的小型營運者。美國的貨運業在20世紀80年代放開管制后，十幾萬家小型企業應運而生，目前這個數目已經達到45萬家。因此，物流企業的“大”或“小”本身并不是問題。物流市場無序競爭的根源還在于沒有形成良好的市場競爭環境和競爭機制，政府缺乏有效的市場規范手段。市場規范的缺失給市場帶來的問題表現在諸多方面：如物流企業的管理處于“誰都管，誰都管不到底”的真空地帶；物流企業“抱團取暖”的訴求得不到有效的支持形式；缺乏一個公平、公正的行業信用評價體系等。

物流市場的無序競爭使得整個行業的抗風險能力較低。在2008年出現的金融危機中，隨著業務需求的萎縮，市場競爭更趨激烈、無序。大多數僅從事傳統業務的物流企業的利潤空間被一步步擠壓，經營困難，一批批中小型物流企業紛紛倒閉。

近年來，在陸續出臺的政策驅動下，我國糧食、鋼鐵、汽車等行業物流領域取得了重大進展，如出臺了《糧食現代物流發展規劃》、《糧食現代物流項目管理暫行辦法》；醫藥物流也出現了像九州通等較大型的物流企業。然而不容忽視的是，受我國物流業起步較晚的影響，一些涉及國民經濟發展的重點領域仍存在許多亟待解決的問題。如在冷鏈物流中，服務網絡和信息化系統不夠健全，食品在途時間長；缺乏冷藏車等專業化的技術裝備和冷藏庫等專業化的基礎設施，食品損耗嚴重。糧食物流仍是鐵路單程運輸、請車率低。大件運輸缺少專用管理辦法及特定的標準，跨省運輸缺乏統一的管理和協調，相關費用過高。危貨運輸市場準入門檻過低，用車輛作為市場準入的衡量標準已經不能滿足市場的需要。特別是隨著“三農”問題逐漸得到國家和黨中央的重視，作為物流系統末梢的農村物流系統所存在的一系列問題開始凸顯，如基礎設施、技術裝備落后、缺乏有效的政策支持和導向等。這些關鍵領域的物流服務能力仍有待加強。