雖然物流運作是企業的客戶服務行為，但客戶服務的一系列手段和運作過程卻不僅與企業的經營管理活動有關，而且與公眾利益甚至與國家經濟安全有關。所以政府也要參與到物流運作中，政府參與物流運作的目的是為了維護公眾利益和國家的經濟安全，而不是為了與民爭利。就一般意義上的政府經濟職能的定位來看，政府是市場的管理者，政府管理市場的目的是維護市場經濟秩序即維護公平競爭的環境。所以，政府在物流發展過程中的市場定位就包含兩個基本點：一是維護公平競爭；二是維護公眾利益。

在物流發展過程中，物流基礎設施的公共產品特殊性以及企業物流活動的外部效應造成了市場經濟機制不能有效發揮調節作用，這兩方面正是政府作為物流市場管理者所要解決的問題。

現代物流系統是交通基礎設施、商品儲存設施和信息網絡設施等的集合體。完善的物流基礎設施是現代物流發展的要求，對提高物流效率、降低物流成本、改善物流條件、保證物流質量具有舉足輕重的作用。只有通過完善物流基礎設施才能為現代物流的發展提供基礎，但是，物流基礎設施，如交通基礎設施、公共倉庫、公用型物流園區、公共物流信息平臺等多屬公共產品，不但投資大、回收期長、自身效益低、風險高，而且具有非排他性和非競爭性，使一般營利組織，特別是私人企業因為得不到應有的投資收益而不愿意建設或無能為力，這些公共產品的供給和消費不是市場機制所能合理調節的。在“市場失效”狀態下，需要政府部門、公共部門的介入，把現代物流發展規劃納入經濟社會發展的總體規劃，采取有力措施，提供公共性的物流基礎設施。

關于物流活動的外部效應問題，主要是指物流企業行為對他人的福利造成影響，產生“外部效應”，又稱為外在性。當物流企業進行物流活動，如提供物流信息服務、物流共同化服務等使企業收益小于社會收益時，外部效應為正向外部效應，又稱為外部經濟；當物流企業進行高頻次的運輸配送活動等造成生態環境問題，但不把社會成本計入物流成本導致企業成本小于社會成本時，外部效應為負向外部效應，又稱為外部不經濟。現實經濟生活中，無論是正向外部效應還是負向外部效應，都會降低市場配置資源的效率，如公共物流信息供給量總是小于資源配置最優所需的供給量，功能單一的卡車運輸服務供給量總是大于資源配置最優所需的供給量。

物流活動是由企業作為主體來承擔的，但是對于企業物流活動的“外部效應”問題，市場機制無法解決。市場制度的內在局限性決定了僅僅依靠企業是難以實現現代物流的效率和效果，有必要政府部門對物流活動的適當介入，促進現代物流健康、有序、持續的發展。政府應制定相應的政策措施，鼓勵產生有利外部效應的物流活動，如共同配送方式能提高卡車運載效率，優化城市功能，增強物流效率與城市發展的協調。另一方面，政府還應限制造成負面外部效應的物流活動，如企業汽車運輸活動帶來汽車尾氣排放超標問題，根據污染者負擔原則對其征稅用來治理環境污染，促使外部效應內在化，同時提高現代物流活動的效率性與公平性。

政府行政機構主要從經濟社會發展出發考慮問題，糾正市場缺陷，保障公共利益，為物流服務商、消費者提供社會基礎設施和公共服務，促進物流效率與社會發展的協調。

交通運輸行業主管部門在促進現代物流發展中的定位要充分結合交通運輸業與現代物流的關系，政府與市場的關系以及行業的管理范圍。既要立足于交通運輸的本職工作，又要找到與現代物流的結合點；既要發揮市場配置資源的基礎作用，又要體現政府宏觀調控職能與意志。結合《國務院辦公廳關于印發交通運輸部主要職責內設機構和人員編制規定的通知》對交通運輸部的職責界定，以及《分工方案》中分配的相關任務，確定了交通運輸行業主管部門在促進現代物流發展中的定位，主要體現在以下幾個方面：

港口與公路貨運站場是貨物中轉、集散的重要場所，是重要的物流基礎設施，具備向物流園區轉型發展的良好條件。在促進物流發展過程中，交通運輸主管部門要扮演好物流基礎設施建設者與規劃師的角色：在全國范圍內對主要港口和國家級公路貨運站場進行統一規劃、統籌考慮，加強與空港、鐵路貨運站場銜接，形成層次分明、結構合理的運輸網絡；對于國家層面、具有戰略意義的港口、公路貨運站場進行資金支持與政策傾斜，其中包括對西部地區、農村等貧困地區的貨運站場建設；加強港口、貨運站場內多種運輸方式的銜接，加強與公共物流園區的融合發展。

在市場經濟條件下，良好的市場環境是企業生存發展的重要條件，是市場機制得以充分發揮的保障。從交通運輸與物流之間的關系來看，運輸費用占物流總費用比重最大，運輸企業是轉型發展成物流企業的主體，運輸業務是物流企業的主營業務。因此，健康、規范、有序、競爭的貨運市場是物流業快速發展的保障。在促進物流發展過程中，交通運輸主管部門要扮演好物流市場發展環境營造者的角色：加強對貨運市場的監管，利用政府信息資源與公信力，建立貨運誠信體系；加強對貨運代理業的管理；通過完善已有的物流/貨運信息平臺等途徑提高運輸市場信息的充分性和對稱性，促進運輸效率的提高。

物流業要發展，關鍵是要形成具有現代服務理念與服務能力的物流企業。傳統的貨物運輸企業具備客戶資源、網絡優勢、業務經驗、運輸基礎等優勢，具備發展為現代物流企業的良好條件。在促進物流發展過程中，交通運輸主管部門要扮演好企業轉型引導者的角色：鼓勵企業加快聯合與聯營，向規模化、集約化、網絡化方向發展；支持有條件的貨運企業向現代物流企業轉型，拓展服務領域、延伸服務鏈條，由提供單一、低附加值的運輸服務逐步向提供綜合、高附加值服務轉變。

先進運輸工具不僅是提高運輸生產效率的基礎，也是提升不同運輸方式間以及運輸與其他環節貨物轉換效率的重要條件，是重要的物流設備。然而由于我國的貨運市場結構、運輸工具價格水平以及運輸的負外部性，在運輸設備更新換代、先進技術的使用上僅僅依靠市場機制是難以完成的。在促進現代物流發展中，交通運輸行業主管部門要扮演好運輸設備、技術裝備升級換代推動者的角色：對于先進、節能、環保運力的更新、先進技術的使用給出明確的政策導向，并出臺相關支持、配套政策予以推廣和普及。

交通運輸行業是現代物流發展的基礎，與物流行業密切相關。交通基礎設施、運輸工具、貨運市場、運輸企業都在物流業發展中發揮著重要的作用。在本次《分工方案》中交通運輸部也是僅此于發改委分工任務最多的部委，由此可見國家對交通運輸行業在促進物流發展中重要地位的認識。因此，交通運輸行業主管部門在促進現代物流發展中要扮演好物流業發展戰略、規劃、標準、政策制定參與者的角色：各級交通主管部門參與到國家、地方相關發展戰略、規劃、標準、政策的制定中去，這也是現代物流發展的客觀要求。